Fire Emblem: New Mystery of the Emblem narra l'epopea di Marth, principe di Altea, mentre unisce il suo esercito per affrontare la rinnovata minaccia di Medeus e del suo impero. I giocatori comandano un eterogeneo gruppo di unità su campi di battaglia a griglia, affidandosi a posizionamenti strategici e ai vantaggi del triangolo delle armi per ottenere la vittoria.
Questa edizione introduce il sistema 'My Unit', che permette di creare un avatar personalizzabile che funge da guardia del corpo di Marth. Si basa sul Mystery of the Emblem originale con aggiunte come una modalità casuale che consente alle unità cadute di tornare nei capitoli successivi e un sistema di promozione migliorato che approfondisce lo sviluppo dei personaggi.
Il gioco offre molteplici livelli di difficoltà e capitoli prologo bonus che approfondiscono il passato del protagonista. Sfrutta il touch screen del Nintendo DS per navigare nei menu e ispezionare le unità, semplificando la gestione dell'inventario e le conversazioni di supporto tra i personaggi.
Come ultimo titolo Fire Emblem sviluppato per Nintendo DS, New Mystery of the Emblem si distingue per il suo completo rinnovamento grafico e l'inclusione di contenuti precedentemente esclusivi del Giappone, consolidando il suo posto come rivisitazione definitiva della classica saga di Archanea.