Dalam Fire Emblem: Mystery of the Emblem, pemain mengikuti Marth, putera Altea yang diasingkan, ketika dia memimpin tentera untuk merebut semula tanah airnya dan melawan kuasa gelap yang mengancam dunia. Permainan berkisar pada mengemudi peta berdasarkan giliran dan memenuhi syarat kemenangan—seperti menawan takhta atau mengalahkan komander musuh—sambil memastikan unit utama terus hidup.
Kemasukan ini membina teras taktikal siri dengan menambah mekanik turun kuda untuk unit berkuda, memaksa pasukan berkuda dan kesatria bertempur dengan berjalan kaki di dalam bangunan. Senarai watak termasuk ramai watak yang boleh direkrut, masing-masing dengan kadar pertumbuhan, kelas, dan peranan strategik unik yang mempengaruhi prestasi di medan perang.
Permainan ini terbahagi kepada dua bahagian: pembuatan semula Fire Emblem asal dan sekuel langsung, Mystery of the Emblem, yang meneruskan jalan cerita utama. Pemain mengurus inventori, mengoptimumkan pertumbuhan unit, dan memanfaatkan bonus rupa bumi untuk mendapatkan kelebihan dalam pertempuran strategik kompleks merentasi pelbagai persekitaran.
Sebagai tajuk mercu tanda pada Super Famicom, Fire Emblem: Mystery of the Emblem menampilkan peningkatan ketara dalam grafik dan antara muka berbanding pendahulunya. Ia mengukuhkan reputasi siri untuk kematian unit kekal berisiko tinggi dan permainan taktikal mendalam yang dipacu naratif.