In CT Special Forces 3: Bioterror worden elitecommando's ingezet om de wereldwijde biologische dreigingen van een rogue-organisatie te bestrijden. Spelers leiden gespecialiseerde agenten door versterkte vijandelijke bases en bestrijden vijandige troepen in diverse gevaarlijke omgevingen om de dreiging te neutraliseren.
De game biedt een gevarieerde selectie personages, elk met unieke wapens en tactische vaardigheden. Missies combineren klassieke run-and-gun platformactie met precisie-sniperwerk en snelle voertuigsegmenten, die spelers naar meerdere conflictzones over de hele wereld brengen.
CT Special Forces 3: Bioterror legt de nadruk op objectief-gebaseerde gameplay die zorgvuldige navigatie en resourcemanagement vereist. Sluipmechanieken dwingen spelers om beveiligingssystemen te ontwijken terwijl ze druk houden op biologische wapenfaciliteiten, waarbij covert beweging en directe aanval in balans worden gebracht.