In Fire Emblem: Mystery of the Emblem volgen spelers Marth, de verbannen prins van Altea, terwijl hij een leger aanvoert om zijn thuisland te heroveren en duistere krachten te bestrijden die de wereld bedreigen. De gameplay draait om het navigeren van beurtgebaseerde kaarten en het vervullen van overwinningsvoorwaarden—zoals het veroveren van tronen of het verslaan van vijandelijke commandanten—terwijl belangrijke eenheden in leven blijven.
Deze aflevering bouwt voort op de tactische kern van de serie door een afstijgmechanisme voor bereden eenheden toe te voegen, waardoor cavalerie en ridders binnen binnenshuis te voet moeten vechten. De selectie bevat talrijke rekruteerbare personages, elk met unieke groeisnelheden, klassen en strategische rollen die de prestaties op het slagveld beïnvloeden.
Het spel is verdeeld in twee delen: een remake van de originele Fire Emblem en een direct vervolg, Mystery of the Emblem, dat het hoofdverhaal voortzet. Spelers beheren inventarissen, optimaliseren de groei van eenheden en benutten terreinbonussen om voordelen te behalen in complexe strategische gevechten in uiteenlopende omgevingen.
Als een mijlpaaltitel op de Super Famicom heeft Fire Emblem: Mystery of the Emblem opmerkelijke verbeteringen in graphics en interface ten opzichte van zijn voorganger. Het verstevigde de reputatie van de serie voor hoge inzet, permanente dood van eenheden en diepe, verhaalgedreven tactische gameplay.