Em Fire Emblem: Mystery of the Emblem, os jogadores seguem Marth, o príncipe exilado de Altea, enquanto ele comanda um exército para recuperar sua terra natal e combater forças das trevas que ameaçam o mundo. A jogabilidade envolve navegar por mapas baseados em turnos e cumprir condições de vitória—como capturar tronos ou derrotar comandantes inimigos—enquanto mantém unidades-chave vivas.
Esta edição expande o núcleo tático da série ao adicionar uma mecânica de desmontagem para unidades montadas, forçando cavaleiros e tropas a pé a lutar em ambientes fechados. O elenco inclui numerosos personagens recrutáveis, cada um com taxas de crescimento únicas, classes e papéis estratégicos que afetam o desempenho no campo de batalha.
O jogo é dividido em duas partes: um remake do Fire Emblem original e uma sequência direta, Mystery of the Emblem, que continua a história principal. Os jogadores gerenciam inventários, otimizam o crescimento das unidades e aproveitam bônus de terreno para obter vantagens em batalhas estratégicas complexas em diversos ambientes.
Como um título marcante no Super Famicom, Fire Emblem: Mystery of the Emblem apresenta melhorias notáveis nos gráficos e na interface em relação ao seu predecessor. Ele consolidou a reputação da série por mortes permanentes de alto risco e jogabilidade tática profunda e orientada por narrativa.