Fire Emblem: Новая тайна эмблемы повествует о приключениях Марта, принца Альтеи, который объединяет свою армию, чтобы противостоять возрождённой угрозе Медея и его империи. Игроки командуют разнообразным составом юнитов на клетчатых полях сражений, полагаясь на стратегическое позиционирование и преимущества треугольника оружия для достижения победы.
Эта часть вводит систему «Мой юнит», позволяющую игрокам создать настраиваемого аватара, который выступает в роли личного телохранителя Марта. Она развивает оригинальную «Тайну эмблемы» с такими дополнениями, как облегчённый режим, позволяющий павшим юнитам возвращаться в следующих главах, и улучшенная система повышения, углубляющая развитие персонажей.
Игра предлагает несколько уровней сложности и дополнительные прологи, раскрывающие предысторию протагониста. Она использует сенсорный экран Nintendo DS для навигации по меню и осмотра юнитов, упрощая управление инвентарём и диалоги поддержки между персонажами.
Будучи последней игрой серии Fire Emblem, разработанной для Nintendo DS, «Новая тайна эмблемы» выделяется полной графической переработкой и включением контента, ранее эксклюзивного для Японии, что закрепляет её место как окончательное переосмысление классической саги об Архении.