ใน Kingdom Hearts Re:coded ผู้เล่นจะพา Data-Sora ฝ่าด่านเวอร์ชันจำลองของโลกดิสนีย์สุดคลาสสิก เพื่อค้นหาต้นตอของข้อความลึกลับที่ผิดเพี้ยนซึ่งซ่อนอยู่ในบันทึกของ Jiminy Cricket
ระบบ Stat Matrix เปิดโอกาสให้ปรับแต่งตัวละครได้ลึกซึ้งผ่านกระดานแบบกริด ช่วยให้ผู้เล่นปรับค่าเลือด พลังโจมตี และความก้าวหน้าของความสามารถได้ เกมยังผสมผสานสไตล์การเล่นหลากหลาย ตั้งแต่การต่อสู้แบบแอ็กชัน RPG ไปจนถึงการแพลตฟอร์มมุมมองด้านข้างและฉากยิงบนราง
ระบบเด็คเปิดให้ใช้คอมมานด์พิเศษเชิงกลยุทธ์ ซึ่งจะชาร์จกลับมาได้หลังใช้งาน ผู้เล่นต้องจัดการเด็คเหล่านี้เพื่อปลดปล่อยท่าไม้ตายอันทรงพลังและเชื่อมคอมโบโจมตีระหว่างการต่อสู้กับ Heartless และบอสต่างๆ
เกมนี้โดดเด่นด้วยความยืดหยุ่นทางเทคนิคบน Nintendo DS โดยปรับกลไกจากหลายแนวให้เข้ากับฮาร์ดแวร์พกพาได้อย่างลงตัว ผสานองค์ประกอบแอ็กชันและพัซเซิลเข้าไว้ในกรอบเรื่องราวของซีรีส์ได้อย่างมีประสิทธิภาพ