Trong Fire Emblem: Mystery of the Emblem, người chơi theo dõi Marth, hoàng tử lưu vong của Altea, khi anh chỉ huy một đội quân để giành lại quê hương và chống lại các thế lực đen tối đe dọa thế giới. Lối chơi xoay quanh việc di chuyển trên bản đồ theo lượt và hoàn thành các điều kiện chiến thắng—như chiếm ngai vàng hoặc đánh bại chỉ huy địch—trong khi giữ cho các đơn vị chủ chốt sống sót.
Phiên bản này xây dựng dựa trên cốt lõi chiến thuật của dòng game bằng cách thêm cơ chế xuống ngựa cho các đơn vị cưỡi, buộc kỵ binh và hiệp sĩ phải chiến đấu bằng chân khi ở trong nhà. Danh sách nhân vật bao gồm nhiều nhân vật có thể chiêu mộ, mỗi người có tốc độ tăng trưởng, lớp nhân vật và vai trò chiến thuật riêng ảnh hưởng đến hiệu suất trên chiến trường.
Trò chơi được chia làm hai phần: một bản làm lại của Fire Emblem gốc và một phần tiếp theo trực tiếp, Mystery of the Emblem, tiếp nối cốt truyện chính. Người chơi quản lý hành trang, tối ưu hóa sự phát triển của đơn vị và tận dụng lợi thế địa hình để giành lợi thế trong các trận chiến chiến thuật phức tạp trên nhiều môi trường khác nhau.
Là một tựa game mang tính bước ngoặt trên Super Famicom, Fire Emblem: Mystery of the Emblem có những cải tiến đáng chú ý về đồ họa và giao diện so với người tiền nhiệm. Nó đã củng cố danh tiếng của dòng game về cái chết vĩnh viễn của nhân vật với rủi ro cao và lối chơi chiến thuật sâu sắc, giàu cốt truyện.