Sa Digimon World 2, gagampanan ng mga manlalaro ang papel ni Akira, isang rookie Guard Tamer na sasali sa isa sa tatlong espesyalisadong Guard team na may tungkuling mapanatili ang kaayusan sa Digital World. Ang pangunahing layunin ay galugarin ang mga procedurally generated na piitan, talunin ang mga masasamang Digimon, at mabawi ang nawawalang data.
Ang larong ito ay lumalayo sa mekanikong raising-simulation ng hinalinhan nito, sa halip ay gumagamit ng dungeon-crawling RPG na istraktura. Mayroon itong mahigit 200 na nakokolektang Digimon at ipinakikilala ang DNA Digivolution system, na nagpapahintulot sa mga manlalaro na pagsamahin ang dalawang Digimon upang lumikha ng mas malalakas na nilalang na nagmamana ng stats mula sa parehong magulang.
Ang mga laban ay nagaganap sa isang 3v3 turn-based grid system, na may diin sa elemental affinities at espesyal na kakayahan. Ang paggalugad ay ginagawa gamit ang isang Digibeetle tank, na nagsisilbing mobile base para sa pagdadala ng koponan at pag-navigate sa mapanganib na terrain ng piitan.
Kapansin-pansin dahil sa malaking paglihis nito mula sa orihinal na formula ng Digimon World, ang laro ay nagtatampok ng grind-heavy gameplay loop na madalas na nagdulot ng magkakaibang opinyon dahil sa paulit-ulit na disenyo ng piitan at mabagal na pacing.