Sa Digimon World 3, ginagampanan ng manlalaro ang papel ni Junior, isang batang lalaki na pumapasok sa virtual na kaharian na kilala bilang Asuka Server. Ang kuwento ay nagbubukas habang ginalugad niya ang iba't ibang rehiyon at natuklasan ang isang sabwatan na pinamumunuan ng organisasyong A.o.A.
Nagtatampok ang laro ng turn-based na sistema ng labanan kung saan pinamamahalaan ng manlalaro ang isang grupo ng tatlong Digimon. Ang ebolusyon ay nagpapahintulot sa mga nilalang na magbago sa mas malalakas na anyo, na may mga kinakailangan batay sa mga tiyak na katangian at stats ng pagsasanay.
Isang mini-game na nakabatay sa baraha ang nag-aalok ng alternatibong paraan upang makakuha ng mga item. Pinagsasama ng mundo ang mga pre-rendered na background na may 3D na modelo ng karakter, na lumilikha ng natatanging visual style para sa parehong paggalugad at labanan.
Kilala sa mabibigat na pangangailangan sa pag-unlad, ang Digimon World 3 ay nangangailangan ng malawakang labanan upang i-level up ang mga Digimon at makamit ang ebolusyon. Pinapanatili ng laro ang isang natatanging estetika, na lumilipat mula 2D na paggalugad patungo sa 3D na labanan.