फायर एंब्लेम: प्रतीक का रहस्य में, खिलाड़ी अल्टिया के निर्वासित राजकुमार मार्थ का अनुसरण करते हैं, जो अपनी मातृभूमि को पुनः प्राप्त करने और दुनिया को खतरे में डालने वाली अंधेरी ताकतों से लड़ने के लिए एक सेना की कमान संभालता है। गेमप्ले बारी-आधारित मानचित्रों पर नेविगेट करने और जीत की शर्तों को पूरा करने—जैसे सिंहासन पर कब्जा करना या दुश्मन कमांडरों को हराना—जबकि मुख्य इकाइयों को जीवित रखना है।
यह किस्त श्रृंखला के सामरिक मूल पर निर्माण करती है, जिसमें घुड़सवार इकाइयों के लिए एक उतरने की यांत्रिकी जोड़ी गई है, जो घुड़सवारों और शूरवीरों को घर के अंदर पैदल लड़ने के लिए मजबूर करती है। रोस्टर में कई भर्ती करने योग्य पात्र शामिल हैं, प्रत्येक के अद्वितीय विकास दर, वर्ग और सामरिक भूमिकाएँ हैं जो युद्ध के मैदान पर प्रदर्शन को प्रभावित करती हैं।
खेल दो भागों में विभाजित है: मूल फायर एंब्लेम का रीमेक और एक सीधा सीक्वल, प्रतीक का रहस्य, जो मुख्य कहानी को जारी रखता है। खिलाड़ी इन्वेंट्री प्रबंधित करते हैं, इकाई विकास को अनुकूलित करते हैं, और विविध वातावरणों में जटिल सामरिक लड़ाइयों में लाभ प्राप्त करने के लिए भू-भाग बोनस का लाभ उठाते हैं।
सुपर फैमिकॉम पर एक ऐतिहासिक शीर्षक के रूप में, फायर एंब्लेम: प्रतीक का रहस्य अपने पूर्ववर्ती की तुलना में ग्राफिक्स और इंटरफ़ेस में उल्लेखनीय सुधार प्रस्तुत करता है। इसने उच्च-दांव, स्थायी इकाई मृत्यु और गहन, कथा-संचालित सामरिक गेमप्ले के लिए श्रृंखला की प्रतिष्ठा को मजबूत किया।