In Fire Emblem: Mystery of the Emblem, i giocatori seguono Marth, il principe esiliato di Altea, mentre comanda un esercito per riconquistare la sua patria e combattere forze oscure che minacciano il mondo. Il gameplay ruota attorno alla navigazione di mappe a turni e al raggiungimento di condizioni di vittoria, come catturare troni o sconfiggere comandanti nemici, mantenendo in vita le unità chiave.
Questo capitolo sviluppa il nucleo tattico della serie aggiungendo una meccanica di smontaggio per le unità montate, costringendo cavalleria e cavalieri a combattere a piedi negli interni. Il roster include numerosi personaggi reclutabili, ciascuno con tassi di crescita, classi e ruoli strategici unici che influenzano le prestazioni sul campo di battaglia.
Il gioco è diviso in due parti: un remake del primo Fire Emblem e un sequel diretto, Mystery of the Emblem, che continua la trama principale. I giocatori gestiscono gli inventari, ottimizzano la crescita delle unità e sfruttano i bonus del terreno per ottenere vantaggi in complesse battaglie strategiche attraverso ambienti vari.
Come titolo di riferimento per il Super Famicom, Fire Emblem: Mystery of the Emblem presenta notevoli miglioramenti nella grafica e nell'interfaccia rispetto al suo predecessore. Ha consolidato la reputazione della serie per la morte permanente delle unità ad alto rischio e un gameplay tattico profondo e guidato dalla narrazione.